À Mbandaka, une étude génomique révèle les angles morts de l’antibiorésistance en Afrique

Publiée dans la revue Scientific Reports, l’analyse de 3.589 génomes africains du complexe Klebsiella pneumoniae met en évidence une forte présence de gènes de résistance aux antibiotiques et d’importantes disparités dans la surveillance génomique du continent. Signée depuis l’ISP Mbandaka, cette publication constitue également un jalon pour sa nouvelle unité de recherche (https://www.nature.com/articles/s41598-026-60706-4).

Cet article, convient-il de souligner, vient aussi d’être présenté dans une conference internationale appelée ISME20 (https://isme-microbes.org/public/conference/isme-20/detail/) à Auckland (Nouvelle Zealand), le vendredi 21 août dernier. 

Une étude menée par le biotechnologiste congolais Mutshiene Deogratias Ekwanzala, Ph.D. vient d’inscrire l’Institut supérieur pédagogique (ISP) de Mbandaka dans une publication scientifique internationale consacrée à l’un des défis sanitaires les plus préoccupants de notre époque : la résistance aux antimicrobiens. Mis en ligne le 8 juillet 2026 dans Scientific Reports, une revue multidisciplinaire en libre accès de Nature Portfolio, l’article est affilié à l’Unité de recherche microbiologique et de santé environnementale (URMSE) du Département de biologie-chimie, chimie physique, géographie et gestion de l’environnement de l’ISP Mbandaka.

Selon les informations communiquées par cette nouvelle unité de recherche, il s’agit de sa première publication dans une revue scientifique internationale indexée.

Des milliers de génomes passés au crible

L’étude porte sur le complexe d’espèces Klebsiella pneumoniae, un groupe de bactéries pouvant être responsable d’infections contractées aussi bien dans les établissements de santé que dans la communauté. Certaines de ses lignées sont particulièrement surveillées en raison de leur capacité à acquérir et à diffuser des mécanismes de résistance aux antibiotiques. Le travail ne repose pas sur de nouveaux prélèvements effectués en RDC. Le chercheur a réanalysé des génomes déjà déposés dans les bases de données publiques de l’European Nucleotide Archive et de l’Institut européen de bio-informatique. Sur 88 183 assemblages génomiques recensés à l’échelle mondiale au 13 septembre 2025, seuls 3 796 étaient explicitement rattachés à des pays africains. Après plusieurs étapes de contrôle de qualité et de classification, 3 589 génomes ont été retenus pour l’essentiel des analyses. Cette différence entre le volume mondial des données et la part attribuée au continent illustre l’un des principaux constats de l’étude : l’Afrique demeure insuffisamment et inégalement représentée dans les grandes bases génomiques internationales.

Une surveillance concentrée dans quelques pays

Les données africaines disponibles sont elles-mêmes très déséquilibrées. Le Malawi et l’Afrique du Sud représentent, à eux seuls, plus de la moitié des génomes analysés. Cette concentration signifie que les cartes génomiques existantes reflètent autant la capacité des pays à séquencer et à partager leurs données que la circulation réelle des bactéries sur le continent. Les résultats ne doivent donc pas être interprétés comme une mesure de la prévalence de la résistance dans l’ensemble des pays africains. Ils décrivent avant tout les génomes actuellement accessibles dans les répertoires publics. La faible contribution de nombreux pays, notamment en Afrique centrale, limite encore la possibilité d’établir une image véritablement continentale de la situation.

L’étude appelle ainsi à une surveillance plus large, accompagnée de métadonnées plus complètes sur l’origine géographique, clinique et environnementale des échantillons.

Des marqueurs de résistance très fréquents

Parmi les génomes étudiés, le gène blaCTX-M-15, associé à la production d’une bêta-lactamase à spectre étendu, a été détecté dans 82,8 % des séquences. Ces enzymes peuvent neutraliser plusieurs antibiotiques de la famille des bêta-lactamines. Des gènes de carbapénémases ont par ailleurs été identifiés dans 24,1 % des génomes. Ils sont associés à la résistance aux carbapénèmes, une catégorie d’antibiotiques souvent réservée au traitement d’infections bactériennes difficiles à prendre en charge. Ces pourcentages concernent le jeu de données public analysé et ne peuvent être directement extrapolés à toutes les infections africaines. Ils signalent néanmoins une circulation importante de déterminants génétiques de résistance parmi les souches séquencées et déposées dans les bases internationales. L’analyse a également permis d’identifier 21 nouveaux types de séquences, désignés ST9512 à ST9532.

Cette diversité jusque-là non répertoriée suggère qu’une partie considérable de la population bactérienne circulant en Afrique reste encore à documenter.

Une étape de visibilité pour la recherche menée à Mbandaka

Au-delà de ses résultats scientifiques, la publication revêt une portée institutionnelle pour l’ISP de Mbandaka. L’URMSE apparaît comme l’unique affiliation de l’auteur, donnant ainsi à cette structure récemment mise en place une première visibilité formelle dans la littérature scientifique internationale.

Scientific Reports affiche, pour 2025, un facteur d’impact sur deux ans de 4,9. Cet indicateur mesure la fréquence moyenne de citation des articles de la revue, mais ne constitue pas, à lui seul, une évaluation de la qualité ou de l’importance d’une étude particulière.

Pour une institution située hors des principaux pôles universitaires et scientifiques du pays, cette publication montre qu’il est possible de participer à la recherche génomique internationale en s’appuyant sur les données ouvertes, les outils bio-informatiques et des méthodes reproductibles. Les scripts d’analyse associés à l’étude ont notamment été déposés dans un répertoire scientifique public.

Un parcours entre l’Afrique, l’Asie et l’Europe

Titulaire d’un doctorat en sciences et technologies de l’eau obtenu à la Tshwane University of Technology, en Afrique du Sud, Mutshiene Deogratias Ekwanzala, Ph.D. s’est spécialisé dans la microbiologie environnementale, la qualité de l’eau, la génomique et la résistance aux antimicrobiens. Il a travaillé comme microbiologiste en Afrique du Sud, puis comme chercheur postdoctoral à l’Université Kyung Hee, en Corée du Sud, où il a étudié les virus à ARN présents dans les eaux usées. Il a ensuite rejoint l’Université de Göteborg, en Suède, pour participer à des recherches sur la sélection de la résistance aux antimicrobiens dans l’environnement. Son parcours comprend plusieurs travaux consacrés à la présence de bactéries résistantes et de résidus d’antibiotiques dans les eaux hospitalières, les stations d’épuration et les milieux aquatiques. Sa nouvelle étude prolonge ces recherches en les inscrivant dans une perspective continentale.

Transformer une publication en capacité durable

Cette publication représente un jalon, mais elle souligne également l’ampleur du travail qui reste à accomplir. La réanalyse des données publiques permet de faire émerger des tendances importantes, sans toutefois remplacer la collecte régulière d’échantillons, le séquençage local et la production de données cliniques et environnementales en RDC.

Le prochain enjeu pour l’URMSE et ses partenaires sera donc de transformer cette visibilité en capacité scientifique durable : formation de jeunes chercheurs, accès aux infrastructures de laboratoire et de calcul, production de génomes provenant de la RDC et développement de collaborations avec d’autres institutions africaines. Le principal enseignement de l’étude dépasse ainsi le seul cas de Klebsiella pneumoniae.

Dans un domaine où les bases de données internationales influencent la compréhension des épidémies, les diagnostics et les stratégies sanitaires, l’absence de données provenant de vastes régions d’Afrique constitue elle-même un risque.

La publication venue de Mbandaka contribue à rendre ce déficit plus visible et à rappeler que la surveillance mondiale ne peut être véritablement représentative sans une participation accrue des institutions africaines.

Tchèques Bukasa/CONGOPROFOND.NET